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微波殺菌一般用于食品和藥品的殺菌，特別是包裝食品殺菌。簡單地說微波殺菌、保鮮是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用：而非熱效應則使用微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力或死亡。因此，微波殺菌溫度低于常規方法，傳統的高溫滅菌鍋由于殺菌溫度高，殺菌時間長往往會改變食品的口感，特別是一些要求有一定的脆度的產品，經過高溫滅菌后都沒有嚼性。通過微波干燥、殺菌處理的食品的保質期可延長3~8倍，不破壞原有的營養成份、色澤、口感和天然風味。與其它干燥、殺菌、解凍設備相比，可縮小占地面積、降低能耗30%~100%。而且不生產“三廢”污染。
